Gaussian Cubeのヘルプ

概要

Gaussian で出力されるCubeデータファイル(MO、Density、Potential)です。

注意：対応するCube data ファイルはフォーマットのものだけです。
また、作成する際にはヘッダー有り（通常default）を指定してください。ヘッダーの無い物はサポートされていません。
対応するGaussianのバージョンはGaussian.Incの92,94,98,98wです。

ファイルの拡張子

データファイルの拡張子は、".cube" です。

格納データの説明

Cubeファイルによって、MicroAVSで表示できるデータは、

Molecular Orbitals
Electron Density
Electrostatic Potential

の3種類ありますが、一つのCubeファイルに格納されているデータは、これらのうちのいずれか一つになります。
Micro AVSは読み込み時に自動で格納されているデータの種類を判別します。
ファイルには構成原子の原子番号、電荷、座標も格納されていますが、上記3つのデータを読み出します。

Molecular Orbitals

Cubeファイルから、このデータが読み出された場合、データの選択項目には"MO number =n"と表示されます。
"MO number =n"の"n"に入る数字は、格納されている軌道データに対応する軌道番号が入ります。

以下に "MO"が格納されたファイルの例を示します。

 Gaussian Test Job 257: Density cube						<ヘッダー>
 SCF Molecular Orbitals							<Methodと格納されているデータ>
   -3   -5.669178   -4.724315   -4.157397					<構成原子数を負の数にしたもの 起点座標>
   25    0.377945    0.000000    0.000000					<X方向の大きさと分割数>
   30    0.000000    0.377945    0.000000					<Y方向の大きさと分割数>
   23    0.000000    0.000000    0.377945					<Z方向の大きさと分割数>
    8    8.000000    0.095021    1.308110    0.000000				<原子番号 電荷 座標>
    1    1.000000   -1.615363    1.912823    0.000000
    9    9.000000    0.095021   -1.375301    0.000000
    2    9   10									<格納されているMOの軌道番号の列挙>
  8.48439E-11  6.91314E-07  2.45604E-10  1.12126E-06  6.17328E-10  1.73656E-06			<MOの値>

Density,Potential Data

Cubeファイルから、これらのデータが読み出された場合、データの選択項目には"Density or Potential"と表示されます。
これらのデータは1系統のみ格納されています。

以下に "Density"が格納されたファイルの例を示します。

Gaussian Test Job 318: Potential cube						<ヘッダー>                                           
SCF Total Density								<Methodと格納されているデータ>
    3   -9.213763  -11.340907   -9.393327					<構成原子の数 起点座標>
    9    2.348332     .000000     .000000					<X方向の大きさと分割数>
   12     .000000    2.109654     .000000					<Y方向の大きさと分割数>
    9     .000000     .000000    2.348332					<Z方向の大きさと分割数>
    8    8.000000     .095021    1.308110     .000000				<原子番号 電荷 座標>
    1    1.000000   -1.615363    1.912823     .000000
    9    9.000000     .095021   -1.375301     .000000
 -4.96666E-05 -6.35483E-05 -7.79772E-05 -8.93949E-05 -9.38026E-05 -8.93949E-05	<Densityの値>
 -7.79772E-05 -6.35483E-05 -4.96665E-05