*.pdbファイルのデータから分子構造モデルを描画します。データ内の"ATOM"、"HETATOM" から、分子を構成する原子の情報を読み出します。一般的な"ATOM"に格納されているデータの説明です。
COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION
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1 - 6 Record name "ATOM "
7 - 11 Integer serial Atom serial number.
13 - 16 Atom name Atom name.
17 Character altLoc Alternate location indicator.
18 - 20 Residue name resName Residue name.
22 Character chainID Chain identifier.
23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number.
27 AChar iCode Code for insertion of residues.
31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in
Angstroms.
39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in
Angstroms.
47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in
Angstroms.
55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy.
61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor.
73 - 76 LString(4) segID Segment identifier, left-justified.
77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified.
79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom.
データは"通し番号"、"元素名"、"座標"等が最低限格納されていなければなりません。CONECT 1 2 CONECT 2 1 CONECT 1 3 CONECT 3 1 CONECT 1 4Ball&Stick表示の際に、多重結合も1本のスティックで表示されます。また、データファイルに結合情報が格納されていないファイルでは結合情報を自動で生成するようになっています。この時にデータによっては、結合が意図どおりに表示されない場合もあります。